菩提寺が遠方にあるのですが、葬儀をする際にはどのようにしたらいいでしょうか?

菩提寺があれば、たとえ遠方であっても、まず菩提寺にお願いするのが原則です。多くの場合、日程さえ合えば、菩提寺のご住職に来ていただけます。その際には、通常のお布施に加えて、宿泊費、交通費を負担することは当然です。
菩提寺のご住職のご都合がつかない場合には、菩提寺から地元のご僧侶をご紹介いただくか、万一、適当な方をご紹介いただけないときには、ご住職のご了解を得て、ネクストより同じ宗派のご僧侶を紹介することも可能です。